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As compras públicas para inovação instrumentalizam o arranjo jurídico entre o estado - que demanda soluções técnicas para problemas, novos produtos, serviços ou processos - e a empresa ou a instituição que pode desenvolvê-los e produzi-los. É objetivo deste artigo analisar as variáveis, riscos e incertezas que atingem as encomendas tecnológicas de software, a partir de experiências com essas contratações em órgãos públicos do Estado de São Paulo. A investigação foi descritiva e teve como eixo de análise o fluxo de compras públicas, desde o seu desenho, passando pela implementação e controle. A partir das encomendas analisadas, procurou-se delinear possíveis medidas e estratégias a serem adotadas pelos gestores públicos para lidar com as categorias de riscos e incertezas jurídico-institucionais identificadas.